排污许可证制度难在污染物排放量的核定，尤其要将环境质量标准与区域排放量有机结合起来，使区域环境能够承受许可的污染物总量，进行生态环境保护。核定每个企事业单位的污染物排放量是技术性很强的工作，既要发挥排放标准、环评的作用，也要结合当地改善环境质量的需求。
国务院办公厅11月21日印发的《控制污染物排放许可实施方案》，对开展企事业单位排污许可证管理进行了全局性和系统化的安排。改革后的排污许可证是每个排放污染物的企事业单位必须持有的“身份证”，政府管理部门要依据这个“身份证”监视企事业单位在环保方面守法生产，企事业单位也要按照排污许可证规定的事项控制好排放污染物的种类﹑浓度和排放量，社会则对照排污许可证开展监督工作。
由此可见，排污许可证是围绕排放污染物的企事业单位开展环境管理的最核心制度，是排污单位守法、管理部门执法、社会监督护法的基本依据。
排污许可证在本质上约定了每个企事业单位的污染物排放上限及排放方式。实行一企一证后，企事业单位的排污行为必须符合排污许可证的要求，而大家都这样做后，区域性的环境质量良好就能得到保障。从理论上讲，排污许可证是基于环境容量的排污权分配，如果不严格执行排污许可证制度，在那些固定源污染占污染绝对多数且污染物排放量已接近承载力上限的地方，任何一个企事业单位都有可能成为突破环境质量承载上限的最后一根稻草，带来恶劣的社会和环境影响。而对于污染物排放量已经超过承载力上限﹑环境质量不达标的地区，应当通过排污许可证管理明确每个相关的企事业单位污染物排放削减的任务，给企业明确预期，倒逼转型升级或引导其退出。
建立排污许可证制度是开展源头严防的控制性工程，要坚定统筹规划、全面推进的信心。然而，对其中的关键环节，要有清醒、客观的认识和分析，只有形成完整的工作流程，并且科学确定核心许可指标，才能保证这项制度有序运行，发挥良好的约束作用。
首先，要对排污许可证的内容进行系统设计。作为反映企事业单位排污概况的“身份证”，要通过其了解该单位的总体面貌，因而“身份证”信息不能太简单，但也不要一开始就特别复杂，要先易后难、逐步完善，既要防止“一证式”变为“一张纸”，也要避免“一证式”变为“一筐式”。对于应纳入排污许可证的信息，要逐条筛选、优化，并按逻辑关系适当排序，从而实现只要查询排污许可证，必要信息就可一览无遗的效果。此外，可采取主页与附件相结合的方式。与其它行政许可相比，排污许可证可能包括了更多的基础信息，核心信息可在主页上体现，其它内容则在附件中载明。
其次，准确核定污染物排放水平，许可其排放地点和方式等。排污许可证制度难在污染物排放量的核定，尤其要将环境质量标准与区域排放量有机结合起来，使区域环境能够承受许可的污染物总量。核定每个企事业单位的污染物排放量是技术性很强的工作，既要发挥排放标准、环评的作用，也要结合当地改善环境质量的需求，提高排污许可工作的科学性、权威性和实效性，并且能为各方面接受，具有较强的可操作性。
第三，强化排污许可的法律约束。排污许可证是企事业单位的守法文书，是其在组织生产过程中不可逾越的红线。每个企事业单位获得的排污许可量，都是通过精细测算后确定的，如果不能持之以恒严格执行，杜绝间歇式排污行为，保证企事业单位始终“我要守法”，必然降低许可证制度的实施效果。因此，要动员各种有生力量，督促、引导企事业单位尊重排污许可证制度，自觉控制污染物排放量，实现生产发展、环境良好的目标。要建立负面清单，严惩违反排污许可证制度的行为，使失信者处处受限，从而形成全社会都推崇排污许可证制度的氛围，真正实现对排污企事业单位的一体化管理。
第四，加强配套制度的设计。排污许可证制度是非常成熟而且被国外实践证明是行之有效的基本环境管理制度，但其落地是一项系统工程。因此，要认真开展全流程分析，及时发现并补齐短板，为这项制度的顺利实施提供各种政策、资金、技术等方面的保障。
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